Organisasi Universitas Muhammadiyah Ponorogo terdiri dari unsur penyelenggara dan unsur pelaksana. Unsur penyelenggara terdiri oleh :
a. Pimpinan Pusat Muhammadiyah
b. Majlis Diktilitbang PP. Muhammadiyah
c. Badan Penyelenggara Universitas Muhammadiyah Ponorogo
d. Badan Pelaksana Harian Universitas Muhammadiyah Ponorogo
Sedangkan unsur pelaksana terdiri atas :
a. Unsur Pimpinan : Rektor dan Wakil Rektor
b. Senat Universitas
c. Unsur Pelaksana Akademik : Fakultas, LPPM, LPMI, LPPKA, Program Pasca Sarjana
d. Sekretaris Rektorat
e. Unsur Pelaksana Administrasi : BAU, BAAK, dan Biro Administrasi Keuangan (BAAK)
f. Unsur elaksana Teknis : Laboratorium, Perpustakaan, Pusat Komputer dan UPT PMB & Humas
g. Unsur lain/Pelengkap
Adapun struktur organisasi Universitas Muhammadiyah Ponorogo adalah sebagai berikut :
(silahkan klik pada gambar berikut)
